¿Qué son las técnicas de secuenciación en el control microbiológico?

En un contexto global en el que el comercio alimentario se extiende a través de las fronteras, el control microbiológico se centra en la prevención e identificación de agentes patógenos que pueden causar enfermedades o disminuir la calidad de los alimentos.

Los controles microbiológicos son una de las principales herramientas del control de calidad en sectores clave como el farmacéutico, alimenticio o cosmético. En la industria alimentaria, estos controles comprenden una serie de procedimientos y análisis para verificar y analizar la calidad e inocuidad de los alimentos y bebidas que se producen y comercializan.

El desarrollo de nuevas herramientas tecnológicas ha logrado reducir los tiempos en la detección de peligros microbiológicos en los alimentos y reducir las alertas sanitarias por este tipo de contaminación.

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Técnicas de secuenciación contra patógenos

Las técnicas de secuenciación (NGS, por sus siglas en inglés) de nueva generación permiten optimizar los controles contra patógenos a lo largo de la cadena alimentaria. Recogen información de muestra a escala genómica para identificar su secuencia de los fragmentos de ADN o la variación de los niveles de expresión de los genes en tiempos relativamente costos y a costos accesibles.

A pesar de su potencial para abordar y resolver posibles amenazas de seguridad e inocuidad en los alimentos, su aplicación en el sector alimenticio todavía es muy limitada, principalmente por el desconocimiento que tienen las empresas y fabricantes sobre estas técnicas.

Con el objetivo de extender los beneficios de las NGS, el Instituto de Investigación y Tecnología Agroalimentarias (IRTA) de España desarrolló este año el proyecto de promoción “Técnicas de secuenciación de nueva generación para el control de microorganismos patógenos y alterantes de la industria alimentaria”.

El proyecto busca promover una nueva aproximación a los ecosistemas alimentarios desde diferentes ópticas como:

• Metagenómica
• Metaproteómica
• Metabolómica

Estos enfoques, explica el instituto, permitirán una visión integral sobre los microorganismos presentes en los alimentos, la forma en que se comportan, cómo interactúan y cuáles son sus manifestaciones fenotípicas.

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Métodos convencionales vs nuevas tecnologías

Si bien los métodos microbiológicos “convencionales” todavía son empleados en diferentes laboratorios, pueden ser laboriosos, requieren mayor tiempo para la obtención y el análisis de resultados y, en algunos casos, pueden resultar menos eficaces.

Algunos de los más comunes son:

• Cultivo y conteo de colonias
• Técnicas de tinción y observación microscópica
• Pruebas bioquímicas
• Pruebas serológicas

Los métodos rápidos, algunos de ellos automatizados, necesitan mucho menos tiempo para la obtención de resultados y/o permiten procesar un mayor número de muestras por unidad. A pesar de que ofrecen resultados muchas veces menos sensibles, los métodos convencionales siguen siendo valiosos en ciertas aplicaciones y pueden emplearse para confirmar los resultados de las pruebas rápidas.

Algunos de los controles rápidos más extendidos actualmente en la industria de alimentos son:

• PCR –polymerase chain reaction- en tiempo real o qPCR
• Métodos basados en biosensores
• Secuenciación de nueva generación (NGS)

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La importancia de los controles microbiológicos en la industria alimentaria

Según estimaciones de la FAO, cada año 600 millones de personas (casi 1 de cada 10) enferman en todo el mundo después de comer alimentos contaminados y 420 mil mueren cada año como resultado de esto.

En el mismo lapso se registran pérdidas por 110 millones de dólares en productividad y gastos médicos como resultado de la ingesta de alimentos insalubres, principalmente en países de ingresos bajos y medianos.

Los controles microbiológicos forman parte de los Sistemas de Gestión de Seguridad Alimentaria e Inocuidad. No sólo velan por la salud de los consumidores, sino que fortalecen las economías, el comercio y el turismo, además de contribuir a alcanzar los objetivos de seguridad alimentaria y desarrollo sostenible.

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